Hallo,
Post by Stefan LagotzkiPost by d***@gmail.comich suche eine Software, die in digitalen Fotos automatisch Bildobjekte
zählt.
Habe Fotos mit einer Mikroskop-Kamera von Zellen, die fluoreszieren.
Zwischen den Zellen ist eigentlich immer ein ausreichender schwarzer
Zwischenraum, so dass man sie einfach differenzieren kann.
Aber es ist kein erkennbares Raster vorhanden, in dem jeweils
Zellen liegen können?
Post by d***@gmail.comSuche nun eine Software, die die Zellen auf einem Foto automatisch
zählt und idealerweise auch noch nach Helligkeit in verschiedene
Gruppen sortiert.
Ich würde dazu eine OpenSource-Software als Grundlage verwenden
und dazu über die Programmierschnittstelle ein kleines Programm
schreiben, das auf die Eigenschaften der Bilder zugreifen kann. Dazu
müsste natürlich definiert sein, wie groß bzw. wie hell eine Zelle sein
kann.
Ich gebe Dir da als Grafiker eine andere Methode als Hinweis. Du
brauchst dazu eine Software, die vektorisieren kann, d.h. aus dem
Pixelbild, wie Du es vom Mikroskop bekommst, ein Bild, das aus Pfaden
und Objekten besteht, wandeln kann.
Da Du wahrscheinlich nicht hauptsächlich Grafiker bist, wirst Du auch
wahrscheinlich keine Programme wie Adobe Illustrator und Streamline zur
Verfügung haben. Es geht aber auch sehr gut, wenn nicht besser mit dem
CorelPaket, bestehend aus Corel PhotoPaint, Corel Draw und Corel Trace.
Die Suite ist oft für unter 100 Euro zu erhalten, dabei sehr flexibel
einsetzbar. Eine Version wie 11 reicht völlig.
Du schreibst, dass sich die Objekte im Mikroskop sich von dem
Hintergrund farblich trennen lassen. Der Hintergrund hat also einen
bestimmten Schwarzwert, die Zellen sollten ebenfalls möglichst
einheitlich sein. D.h. gegebenenfalls müsste das Bild mit Photopaint
oder Photoshop so vorbearbeitet werden, dass letztlich möglichst zwei
Farben existieren, bspw. Weiß für die Zellen, Schwarz für Nicht-Zellen.
Dieses Bild lädst Du in Corel Draw, klickst rechte Maustaste "Grafik
vektorisieren", dann öffnet sich Trace und hier klickst Du auf
vektorisieren. Das Programm wandelt nun das Pixelbild in eine
Vektorgrafik. Geschlossene Formen werden dabei zu einem Pfadobjekt. Die
Anzahl der Pfadobjekte wird Dir unten angezeigt. Das müsste die Anzahl
der Zellen sein. Natürlich: Manchmal irrt sich der Vektorisierer auch
und macht aus einem zwei Objekte oder umgekehrt, visuell kontrollieren
musst Du also. Aber wenn er es richtig macht und das Bild entsprechend
hinbearbeitet werden konnte, dann hast Du hier sofort das Ergebnis.
Torben
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